Seit Juni 2005 darf Abfall nicht mehr unbehandelt auf Deponien abgelagert werden. Die Entsorgung ist in Berlin trotzdem gesichert. Dazu hat die BSR eine kluge Anlagenstrategie entwickelt. Die bestehende BSR-Müllverbrennungsanlage in Ruhleben wurde umfassend modernisiert und ausgebaut. Im Jahr 2006 wurden 519.000 Tonnen des anfallenden Restmülls hier umweltschonend entsorgt: Der bei der Verbrennung entstehende Dampf wird zur Stromerzeugung genutzt. Staub und Schadstoffemissionen unterschreiten die zulässigen Grenzwerte deutlich - bei Kohlenmonoxid z. B. um 90 Prozent. Zur Entsorgung der verbleibenden Menge Restmüll kooperiert die BSR mit verschiedenen Partnern. 230.000 t Restmüll wurden in zwei mechanisch-physikalischen Stabilisierungsanlagen behandelt. Brenn- und nicht brennbare Stoffe werden dabei getrennt. Nicht brennbares Material, wie z. B. Metall, gelangt zurück in den Wirtschaftskreislauf, der Rest wird zu Brennstoff verarbeitet, der fossiles Material ersetzt. Weitere 257.600 t Restmüll werden über mehrere mechanisch-biologische Abfallbehandlungsanlagen (MBA) in Brandenburg entsorgt.
